sexta-feira, 14 de setembro de 2012

Evolução do Olho II: Uma Perspectiva Molecular



As lentes estão presentes nos olhos mais complexos. Acumulam proteínas globulares solúveis em água, denominadas por cristalinos. Estas proteínas não são especificas unicamente para as suas funções ópticas. São muitas vezes enzimas comuns expressas em menor escala noutros tipos de tecido, mesmo as que são comuns a todos os vertebrados. Os genes codificam proteínas com mais do que uma função (fenómeno também observado como o resultado do processo evolutivo de bactérias em laboratório).

Um método de acumulação num tecido é que o gene em causa esteja muito activo nesse tecido. O que ocorreu ao longo da evolução é que cadeias curtas de DNA (elementos de controlo-cis) nos promotores e enhancers de certos genes, que originalmente não eram genes de cristalino sofreram modificações sequenciais independentes, tornando-os capazes de se ligarem a factores de transcrição usados no desenvolvimento das lentes.

Muitos cristalinos recrutados continuam também com os seus padrões originais de expressão, enquanto desempenham funções ópticas.

A medusa, por exemplo, possui a proteína PaxB como factor de transcrição em vez da Pax6 e ambos partilham um ancestral comum, que evoluiu para o Pax B, através de duplicações e mutações. Os cristalinos evoluíram paralelamente, convergentemente – pressões selectivas idênticas levam á preservação de características semelhantes.

A célula fotorreceptora combinada com a célula de escudo escuro, terá originado os primeiros ‘olhos’.

 

Referências:

 

A Genetic Perspective on Eye Evolution: Gene Sharing, Convergence and Parallelism Joram Piatigorsky, Evo Edu Outreach (2008) 1:403414.

Evolução do Olho: Evo-Devo


Neste texto é apresentada uma reportagem para a Scientific American Brasil, pelo Dr.

 

“(…) O olho do peixebruxa pode ter permanecido num estado rudimentar (…); assim, sua estrutura atual representaria a arquitetura de um estágio evolutivo anterior.

Ao observar melhor a retina do animal podem surgir suposições sobre o papel do olho. Na retina normal, de três camadas dos vertebrados, as células da camada média, conhecidas como bipolares, processam informações dos fotorreceptores e transmitem os resultados para os neurônios de saída, cujos sinais viajam até o cérebro para interpretação. Mas a retina de duas camadas do peixe-bruxa carece de células bipolares intermediárias, ou seja, os fotorreceptores conectam-se diretamente com os neurônios de saída. Nesse sentido, o sistema nervoso da retina do peixe-bruxa assemelha-se ao da glândula pineal − pequeno corpo secretor de hormonas do cérebro de vertebrados. A glândula pineal modula o ritmo circadiano e, nos vertebrados não mamíferos, contém células fotorreceptoras que se conectam diretamente com os neurônios de saída, sem células intermediárias; em mamíferos, essas células perderam a capacidade de detectar luz.

Em 2007, parcialmente fundamentados por esse paralelo com a glândula pineal, os meus colaboradores e eu propusemos que o olho do peixe-bruxa não está envolvido na visão, mas fornece informações à parte do cérebro do animal que regula o essencial ritmo circadiano, além de atividades sazonais como alimentação e reprodução. Assim, talvez, o olho ancestral dos protovertebrados que viveram entre 550 milhões ou 500 milhões de anos, primeiro serviu como um órgão não visual, e só mais tarde o poder de processamento neural e os componentes ópticos e motores necessários
para a visão espacial evoluíram.

Estudos de desenvolvimento embriológico do olho dos vertebrados apoiam essa hipótese. Quando a lampreia está na fase larval, vive em leito de riachos e é cega. Nesse estágio de vida, o olho assemelha-se ao do peixe-bruxa, com estrutura simples, soba pele. Quando a larva sofre metamorfose, o olho rudimentar cresce substancialmente, desenvolve uma retina de três camadas, cristalino, córnea e músculos de apoio. Depois, o órgão emerge na superfície como o olho tipo câmera dos vertebrados mandibulados. Muitos aspectos do desenvolvimento de um indivíduo espelham eventos que ocorreram durante a evolução de seus antepassados, assim podemos, com cautela, usar o desenvolvimento do olho da lampreia para relatar a nossa reconstrução de como o olho evoluiu.

 
Cicatrizes da Evolução - O olho dos vertebrados, longe de ser concebido de forma inteligente, contém inúmeros defeitos que atestam a sua origem evolutiva. Entre os defeitos que degradam a qualidade da imagem, estão uma retina invertida, que força a luz a atravessar corpos celulares e fibras nervosas antes de atingir os fotorreceptores 1 ; vasos sanguíneos que se espalham pela superfície interna da retina, provocando sombras indesejadas 2 ; fibras nervosas que se juntam, projetam-se numa abertura única na retina e viram o nervo óptico, criando um ponto cego 3 .

O sistema ocular dos mamíferos também apresenta indícios intrigantes de sua origem evolutiva durante o desenvolvimento embrionário. Benjamin E. Reese e seus colaboradores da University of California em Santa Barbara constataram que os circuitos da retina de mamíferos começam um pouco como o dos peixes-bruxa, , com os fotorreceptores conectando-se diretamente com os neurônios de saída. Então, em um período de semanas, as células bipolares amadurecem e se inserem entre os fotorreceptores e os neurônios de saída. Essa sequência é exatamente o padrão de desenvolvimento esperado para confirmar se a retina de vertebrados evoluiu de um órgão de duas camadas, acrescentando poder de processamento e componentes de formação de imagens. Portanto, parece perfeitamente plausível que esse estágio inicial e simples de desenvolvimento representa o resquício de um período de evolução anterior à criação do circuito de células bipolares na retina e antes do surgimento do cristalino, córnea e músculos .

ASCENSÃO DOS RECEPTORES
enquanto estudávamos o desenvolvimento das três camadas da retina, surgiu outra questão relativa à evolução do olho. As células fotorreceptoras em todo o reino animal se distribuem em duas categorias distintas: rabdoméricas e ciliares. Até recentemente, muitos cientistas acreditavam que os invertebrados usavam as rabdoméricas, enquanto vertebrados usavam as ciliares, mas, na verdade, a questão é mais complexa. Na grande maioria dos organismos, os fotorreceptores ciliares são responsáveis pela detecção de luz para fins não visuais, como regular o ritmo circadiano, por exemplo. Em contraste, os receptores rabdoméricos detectam a luz com o propósito explícito de permitir a visão. Tanto os olhos compostos dos artrópodes quanto os olhos tipo câmera dos moluscos – como os do polvo, que evoluíram de forma independente dos olhos tipo câmera dos vertebrados – usam fotorreceptores rabdoméricos. Mas o olho dos vertebrados usa fotorreceptores ciliares para detectar a luz para a visão.

Em 2003, Detlev Arendt, do Laboratório Europeu de Biologia Molecular em Heidelberg, na Alemanha, relatou evidências de que o nosso olho ainda retém descendentes dos fotorreceptores rabdoméricos, que foram modificados para formar os neurônios de saída que enviam informações da retina para o cérebro. Essa descoberta indica que a nossa retina contém os descendentes das duas classes de fotorreceptores: as ciliares, originalmente fotorreceptoras, e as rabdoméricas, transformadas em neurônios de saída. A evolução funciona exatamente assim, pressionando uma estrutura existente para um novo propósito; a descoberta de que os fotorreceptoras ciliares e rabdoméricos desempenham papéis diferentes em nosso olho em comparação com os olhos de invertebrados acrescenta ainda mais peso à evidência de que o olho dos vertebrados foi construído num processo natural.

Para tentar entender por que os fotorreceptores ciliares triunfaram como sensores de luz na retina de vertebrados, enquanto a classe rabdomérica evoluiu para neurônios de projeção, analisei as propriedades de seus respectivos pigmentos sensíveis à luz, as rodopsinas, assim denominadas devido à molécula da proteína opsina que contêm. Em 2004, Yoshinori Shichida e seus colegas da Universidade de Kyoto, no Japão, mostraram que bem no início da evolução dos pigmentos visuais de vertebrados, ocorreu uma mudança que tornou a forma do pigmento ativada pela luz mais estável e, portanto, mais ativa. Postulei que essa mudança também bloqueou a rota de reconversão da rodopsina ativada de volta à sua forma inativa, que no caso de rodopsinas rabdoméricas requer a absorção de um segundo fóton de luz; basicamente, uma via bioquímica foi necessária para recolocar a molécula em alerta para o sinal de luz. Assim que esses dois elementos foram colocados na devida proporção, eu supus que os fotorreceptores ciliares tiveram uma vantagem distinta sobre os fotorreceptores rabdoméricos em ambientes como o oceano profundo, onde os níveis de luz são muito baixos. Então, alguns cordados primitivos (ancestrais dos vertebrados) podem ter conseguido colonizar nichos ecológicos inacessíveis a animais que dependiam de fotorreceptores rabdoméricos – não porque a opsina ciliar melhorada garantia mais visão, mas por propiciar um modo melhorado de sentir a luz, permitindo que os relógios sazonais e circadianos tenham noção de tempo.

Para esses cordados primitivos, habitantes de reinos mais escuros, os fotorreceptores rabdoméricos menos sensíveis e que dispunham, junto com os ciliares, teriam sido virtualmente inúteis e assim estariam livres para assumir um novo papel: de neurônios transmissores de sinais ao cérebro.

 

NASCE UM OLHO
Agora que os meus colegas e eu tínhamos ideia de como os componentes da retina dos vertebrados se originaram, quisemos entender como, há cerca de 500 milhões de anos, o olho evoluiu de um órgão sensor de luz não visual para esse que forma imagens. Novamente encontramos indícios em embriões em desenvolvimento. No início do desenvolvimento, a estrutura neural que dá origem ao olho se projeta em um dos lados formando dois sacos ou vesículas. Depois, as vesículas se dobram, formando uma retina em forma de C que reveste o interior do olho. Provavelmente a evolução prosseguiu de forma bem semelhante. Nossa hipótese é que um proto-olho deste tipo – com uma retina em forma de C, de duas camadas, composta de fotorreceptores ciliares no exterior e neurônios de saída oriundos de fotorreceptores rabdoméricos no interior – evoluiu em um ancestral de vertebrados entre 550 e 500 milhões de anos. Ele serviu como propulsor de um relógio interno, e talvez para ajudá-lo a detectar sombras orientar o organismo de modo apropriado.

Na etapa seguinte do desenvolvimento embrionário, enquanto a retina dobra-se para o interior, forma-se o cristalino, oriundo de um espessamento da superfície externa do embrião, ou ectoderma, que protrai no espaço curvo vazio formado pela retina em forma de C. Por fim, essa protrusão se separa do resto do ectoderma, tornando-se um elemento de livre flutuação. Parece provável que uma sequência de transformações muito semelhantes ocorreu
durante a evolução. Não sabemos exatamente quando aconteceu, mas em 1994, cientistas da Universidade de Lund, na Suécia, mostraram que os componentes ópticos do olho podem ter evoluído facilmente em 1 milhão de anos.

Com o surgimento do cristalino para captar a luz e focar imagens, a capacidade de o olho coletar informações melhorou muito. Esse progresso teria criado pressões seletivas favorecendo o surgimento de processamento de sinal melhorado na retina além do que a simples ligação de fotorreceptores para neurônios de saída oferecia. A evolução satisfez essa necessidade, modificando o processo de maturação das células para que algumas células em desenvolvimento em vez de formar fotorreceptores ciliares se tornassem células bipolares da retina que se inserem entre a camada de fotorreceptores e a de neurônios de saída. É por isso que as células bipolares da retina são tão semelhantes aos bastonetes e cones, embora não tenham rodopsina e recebam a entrada não da luz, mas da substância química liberada pelos fotorreceptores.

Embora os olhos tipo câmera proporcionem um amplo campo de visão (basicamente em torno de 180 graus), na prática nosso cérebro consegue processar apenas uma fração da informação disponível a qualquer momento devido ao número limitado de fibras nervosas que ligam o olho ao cérebro. Sem dúvida, os olhos tipo câmera primitivos enfrentaram uma limitação ainda mais séria, pois se supõe que tivessem ainda menos fibras nervosas. Assim, houve pressão seletiva considerável para a evolução dos músculos para movimentarem os olhos. Esses músculos deviam existir há 500 milhões de anos, porque a estrutura deles na lampreia, cuja linhagem remonta a essa época, é quase idêntica à dos vertebrados mandibulados , inclusive nós, seres humanos. Para todos os aspectos engenhosos da evolução ocorridas dentro do olho dos vertebrados, há vários caracteres decididamente deselegantes.

Por exemplo, a retina está invertida, então a luz tem de passar por toda a sua espessura, através das fibras nervosas intermediárias e corpos celulares que dispersam a luz e degradam a qualidade da imagem, antes de atingir os fotorreceptores sensíveis à luz. Os vasos sanguíneos também cobrem a superfície interna da retina e lançam sombras indesejáveis na camada de fotorreceptores. A retina tem um ponto cego onde fibras nervosas que passam por toda a sua superfície se reúnem antes de canalizar pela retina e surgir por trás dela como nervo óptico. (…)”

 

Vêem? Não é assim tão difícil, criacionistas.

 

Ligação externa (para ler o artigo completo):


 

quarta-feira, 12 de setembro de 2012

Evolucionistas vs criacionistas: Quem é Estúpido?

Tenho lido certas coisas na internet e visto outras no youtube, que realmente me incomodam. Uma das coisas é que os ateus e evolucinistas são estúpidos.
Os ateus são estúpidos? Os evolucionistas são estúpidos? Os cristãos  criacionistas acreditam na existencia de um zombie judeu que é o seu próprio pai e pode fazer-nos viver para sempre se simbólicamente comermos a sua carne e telepáticamente lhe dissermos que o aceitamos como mestre ou salvador (whatever...), para que este possa remover uma força maléfica das nossas almas presente na humanidade porque uma mulher-costela foi convencida por uma cobra tagarela a comer de uma arvore mágica e, pior ainda, que o pai do zombie (que é o zombie) criou tudo o que vemos (incluindo nós próprios). E não se ficam por aqui: essa estranha personagem a quem chamam deus é talvez a personagem mais perversa e violenta de toda a literatura (e aqui incluo Hitler e Estaline) - genocida, homicida, infanticida, tirano, opressor... e eles veneram-no! É incrivel mas é verdade.
Algumas versões mais actuais do criacionismo acreditam que esse mesmo deus (zombie +pai) criou as mutações benéficas... o pior é que não se apercebem que se assim fosse ele também teria criado as mutações que conferem resistencia a antibióticos e anti-virais. Se isso é verdade... Criacionistas, fujam do vosso deus porque ele odeia-vos! Não odeia só os evolucionistas, ateus e agnósticos, mas odeia toda a humanidade.



 
 
 
 

Evolução vs Design inteligente II: Evolução Natural de Estruturas Complexas (parte 2)

A EVOLUÇÃO NATURAL DA CASCATA DE COAGULAÇÂO SANGUÌNEA:

Nos mamíferos, o coágulo de sangue é formado pela fibrina, uma proteína fibrosa que se agrega em molhos densos. Normalmente, esta proteína está no sangue na forma de fibrinogénio, tendo um trecho de aminoácidos carregados que impede essa agregação, e é activada pela trombina, uma protease que corta esse pedaço. Por sua vez, a trombina é activada pelo factor X e o factor X pode ser activado por uma de duas outras proteases, também normalmente inactivas, o factor IX ou o factor VII. O factor VII é activado por contacto com proteínas solúveis dos tecidos que só aparecem no sangue em caso de hemorragia interna. O factor IX é activado pelo factor XI, que é activado pelo factor XII, que é activado quando o sangue é exposto ao ar ou a um corpo estranho. O mecanismo parece excessivamente complicado, mas faz sentido porque a cada passo de activação há uma amplificação do sinal. Se cada protease activar 10 moléculas, cada factor XII que se active levará à formação de cem mil moléculas de fibrina. Isto permite uma resposta rápida e excelente às hemorragias, com óbvias vantagens evolutivas para o organismo.

A explicação científica é que estes factores evoluíram por duplicação genética e acumulação de mutações, como evidenciado por serem praticamente todos proteases de serina e muito parecidos entre si. Algumas proteínas teriam tido origem em proteínas usadas na digestão.

Assim, num antepassado comum o mecanismo de coagulação era mais simples mas, por duplicação dos genes e acumulação mutações pontuais, estas proteínas foram se especializando e aumentando a eficácia do sistema.

Se existir uma forma inteligente que optimizou a coagulação, espera-se encontrar este sistema generalizado pelos animais cujo sangue coagula. Em contraste, se o mecanismo evoluiu pela acumulação e selecção de mudanças genómicas, devemos encontrar mecanismos diferentes, de diferentes complexidades, em linhagens diferentes. E é isso que se verifica. Por exemplo, em alguns invertebrados o sangue coagula pela agregação dos glóbulos brancos, naturalmente ‘adesivos’. Como a pressão sanguínea destes animais é baixa, este sistema, mesmo que pouco inteligente e relativamente ineficiente é suficiente para a manutenção da sua vida.
Se o mecanismo de coagulação dos mamíferos evoluiu por duplicação de genes e acumulação de mutações, será de esperar que se possa construir uma árvore filogenética, baseada na homologia. Os dados favorecem a evolução natural. Todas as proteases de serina da cascata da coagulação são homólogas da tripsina, uma protease pancreática, mostrando que não foram projectadas especificamente para a coagulação mas adaptadas de mecanismos pré-existentes.



Por análise comparativa: genes duplicados, subfuncionalizados e neofuncionalizados.

Este processo de evolução também implica que o fibrinogénio descenda de alguma proteína com outros propósitos e da qual se deve poder encontrar vestígios. Assim é. O pepino-do-mar, por exemplo, não tem proteínas de coagulação mas tem variantes do fibrinogénio.

Além de tudo isto, Doolittle realizou experiencias em ratos aos quais faltavam 1 ou 2 elementos na cascata de coagulação. Estes sobreviveram e o sistema (menos eficiente) continuou a funcionar.



A EVOLUÇÃO NATURAL DO CICLO DE KREBS:







Em alguns sistemas, existe uma via chamada hunt glioxilato, que consiste deum atalho de todo o ciclo. Outras vias variantes existem. Então, ao invés de ser um projeto mínimo fixado, o ciclo de Krebs é uma das várias alternativas. Além disso, algumas espécies podem passar sem um ciclo de Krebs completo.


Algumas bactérias anaeróbias atuais possuem todas as enzimas do ciclo de Krebs excepto uma, aα-cetoglutarato desidrogenase. Eles não são capazes de realizar respiração, mas utilizam estas enzimas para sintetizar intermediários importantes na síntese de aminoácidos, nucleotídeos, etc. Sem completar o ciclo de Krebs os organismos são forçados a conservar energia por fermentação com o qual é possível produzir apenas dois ATP por molécula de glicose. O surgimento da α-cetoglutarato desidrogenase tornou a bactéria capaz de efetuar o ciclo de Krebs e com isso produzir mais de 16 vezes a energia que as bactérias anaeróbias. O complexo daα-cetoglutarato desidrogenase, ausente nas bactérias anaeróbicas, provavelmente (por análise comparativa) evoluiu do complexo da piruvato desidrogenase que existe nos anaeróbios parentes dos aeróbios. A evolução do ciclo de Krebs e, posteriormente da mitocôndria foi tão vantajosa que deu origem a quase toda a diversidade biológica que conhecemos hoje, uma vez que a mitocôndria está presente em quase todos os protoctistas e em todos os fungos, plantas e animais.

Não significa que as caracteristicas das estruturas tenham que ter sido obrigatóriamente seleccionadas por desempenharem essa função – as proteínas ancestraispodem ser seleccionadas por desempenharem outras funções, mas podem ocorrer modificações e chegar a determinado ponto em que mais alguma mudança pode ocorrer e transformá-la de modo a desempenhar tal função.

Um estudo recente demonstrou que transferência genética horizontal conferiu metabolismo fermentativo respiratório a tripanossomatídeos Phytomonas serpens através da aquisição de uma enzima essencial á fermentação alcoólica – de uma fitobacteria dadora para um receptor tripanossoma ancestral, que ocorreu antes da separação entre Phytomonas, Leishmania e Crithidia.

Outro estudo (Melendez, 1996) afirma:
The evolutionary origin of the Krebs citric acid cycle has been for a long time a model case in the understanding of the origin and evolution of metabolic pathways: How can the emergence of such a complex pathway be explained? A number of speculative studies have been carried out that have reached the conclusion that the Krebs cycle evolved from pathways for amino acid biosynthesis, but many important questions remain open: Why and how did the full pathway emerge from there? Are other alternative routes for the same purpose possible? Are they better or worse? Have they had any opportunity to be developed in cellular metabolism evolution? We have analyzed the Krebs cycle as a problem of chemical design to oxidize acetate yielding reduction equivalents to the respiratory chain to make ATP. Our analysis demonstrates that although there are several different chemical solutions to this problem, the design of this metabolic pathway as it occurs in living cells is the best chemical solution: It has the least possible number of steps and it also has the greatest ATP yielding. Study of the evolutionary possibilities of each one - taking the available material to build new pathways - demonstrates that the emergence of the Krebs cycle has been a typical case of opportunism in molecular evolution. Our analysis proves, therefore, that the role of opportunism in evolution has converted a problem of several possible chemical solutions into a single-solution problem, with the actual Krebs cycle demonstrated to be the best possible chemical design. Our results also allow us to derive the rules under which metabolic pathways emerged during the origin of life.

Nota: opportunismo evolutivo - coopção de componentes existentes com funções diferentes e reorganização para desempenhar novas funções no ciclo de Krebs.

É importante perceber a perspectiva de que, de todas as alternativas conhecidas, a selecção natural favoreceu a ocorrencia do ciclo de krebs.

Ainda há dúvidas quanto á evolução natural do ciclo de krebs?

Tudo isto leva a poder afirmar que trocas de material genético (que codificavam proteínas que até poderiam desempenhar outras funções ou semelhantes noutro contexto ou não), duplicações, recombinações, e mutações pontuais são processos naturais que podem ter contribuído para a evolução de sistemas complexos - mas não irredutivelmente complexos, pois está claramente demonstrado que esta hipótese sempre que testada se mostrou falsa.

Existe ainda o caso da ATP sintase que foi também referida como sendo irredutivelmente complexa – o que mais uma vez não corresponde á realidade, tendo sido indiciada mais uma vez a ancestralidade comum com outras proteínas (por análise comparativa), sendo observada uma grande divergência, o que leva inferir que divergiram quando a vida (como a conhecemos) possivelmente ainda não existia – possivelmente essa forma de vida não necessitava da degradação de ATP (pelo menos através da ATP Sintase).

Além desta pode destacar-se também o flagelo bacteriano que evoluiu a partir de precursores relativamente simples por sucessivas duplicações e alterações posteriores.


Estas duas estruturas serão futuramente abordadas neste blog (possivelmente só no começo do próximo Verão devido a uma coisinha chamada universidade)

A ocorrencia de duplicação e divergencia, recrutamento de material viral, Splicing alternativo e recombinação de exões, transferencia horizontal e mutações que aperfeiçoam funções (tudo isto observado na natureza) não podem ser inventadas para fornecer uma explicação naturalista – elas ocorrem na natureza e há evidencias de que tenham originado sistemas complexos a partir de sistemas mais simples.


No entanto alguém pode ainda afirmar que é difícil (se não impossível o surgimento) gradual certas estruturas – a evolução natural não é obrigatoriamente um processo muito gradual – genes duplicados tendem a ter uma evolução acelerada. A evolução natural nada tem de impossível – os mecanismos conhecidos por si só (cada um) podem não conseguir explicar tudo, mas todos combinados (como exemplo abstracto: duplicação, transferência horizontal, Splicing alternativoe recombinação de exões e mutações em menor escala), poderão fornecer uma explicação cientificamente aceitável para o nível actual do conhecimento humano.

Se ainda restam dúvidas de que a ancestralidade comum (a partir de um ancestral funcional) e os resultados das análises comparativas deitam a baixo o argumento da complexidade irredutível, atentemos no argumento central do autor da ‘Caixa Preta de Darwin’: “(…) any precursor to an irreducibly complex system that is missing a part is by definitionnonfunctional.” - nunca teria existido um precursor de sistemas irredutivelmente complexos porque este seria por definição não-funcional. Alem das evidências a favor da ancestralidade comum, há evidências de um ancestral comum funcional – apenas com uma função menos complexa.




Referencias:

1) Xu, Doolittle, Presence of a vertebrate fibrinogen-like sequence in an echinoderm. PNAS 87(6):2097-101, 1990.
2) Texto de Ken Miller - The Evolution of Vertebrate Blood Clotting («Finding Darwin's God»)



3) Horizontal gene transfer confers fermentative metabolism in the respiratory-deficient plant trypanosomatid Phytomonas serpens - Ienne S, Pappas G Jr, Benabdellah K, González A, Zingales B. - Infect Genet Evol. 2012 Apr;12(3):539-48. Epub 2012 Jan 25.




4) The puzzle of the Krebs citric acid cycle: assembling the pieces of chemically feasible reactions, and opportunism in the design of metabolic pathways during evolution - Meléndez-Hevia E, Waddell TG, Cascante M. - J Mol Evol. 1996 Sep;43(3):293-303.

terça-feira, 11 de setembro de 2012

Evolução vs Design inteligente: selecção natural positiva



A selecção natural actua de modo positivo ou negativo sobre os fenótipos. Modificações adaptativamente neutras são, no entanto, as mais comuns. 

Um exemplo bastante explorado de selecção natural positiva é a resistência a antibióticos e antivirais.

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Num estudo intitulado “Elucidation of phenotypic adaptations: Molecular analyses of dim-light vision proteins in vertebrates,” foi estudado um fenótipo testável, visão dim-light, mediada por rodopsinas.

Nas rodopsinas dos vertebrados, várias substituições de aminoácidos ocorreram várias vezes e, além disso, as mudanças no comprimento de onda maximo biologicamente significativas ocorreram em pelo menos 18 ocasiões separadas. As adaptações altamente específicas ambientais parecem ter ocorrido grandemente pela substituição de aminoácidos em 12 sítios.

Neste caso não foi evidenciado o papel da selecção positiva sobre muitas modificações necessárias a esta adaptação. Uma explicação proposta por Austin Hughes afirma o seguinte: Como a selecção natural, mecanismos não selectivos podem desempenhar um papel importante na origem de fenótipos adaptativos. O mais importante processo não selectivo é a flutuação na frequência genética ou deriva genética, que pode levar à fixação de mutações seletivamente neutras (com nenhum efeito de fitness). Kimura criou o termo "efeito Dykhuizen-Hartl" para descrever uma mutação originalmente neutra que mais tarde se torna adaptativa num ambiente alterado, incluindo um ambiente bioquímico mudado resultante de outras substituições de aminoácidos na mesma proteína. Esta explicação propõe algumas alterações no entendimento relativo á Teoria original de Darwin na medida em que nem todas as alterações adaptativamente vantajosas dependem da acção guia da selecção natural. No entanto a importância desta mantém-se. A dada altura, a sua acção revela-se.

Um factor não selectivo é a ordem de acumulação evolutivamente neutras ilustrada em alguns estudos sobre a evolução de bactérias em laboratório. 

Em certos casos a selecção natural actua positivamente se as mutações ocorrerem numa determinada ordem.

 No estudo intitulado ‘Darwinian Evolution Can Follow Only Very Few Mutational Paths to Fitter Proteins’, os autores concluíram que certos conjuntos de mutações eram seleccionadas pelo seu grande efeito conjunto fenotípico, este resultado é necessariamente uma consequência do facto de que algumas das mutações não aumentam a resistência a cefotaxima em todas as origens alélicas, o que corrobora uma visão contemporânea da Teoria Sintética da Evolução.


Aqui fica uma visão geral do conteúdo do artigo publicado na revista ‘Science’ em Abril de 2006.



Cinco mutações pontuais num alelo β-lactamase conjuntamente provocam resistência bacteriana a um antibiótico clinicamente importante por um factor de ~ 100.000. Em princípio, a evolução para esta alta resistência pode seguir qualquer uma dos 120 trajetórias mutacionais. No entanto, demonstramos que 102 trajetórias são inacessíveis para a seleção darwinista e que muitas das trajetórias restantes têm probabilidades desprezíveis de realização, porque quatro desses cinco mutações só aumentam a resistência às drogas em algumas combinações. Uma pleiotropia (nome dado aos múltiplos efeitos de um gene - acontece quando um único gene controla diversas características do fenótipo que muitas vezes não estão relacionadas) biofísica Invasiva dentro da β-lactamase parece ser responsável, e porque essa pleiotropia parece ser uma propriedade geral de mutações missense, concluímos que a evolução de muitas proteínas é limitada. Isto implica que a fita de vida de uma proteína pode ser em grande parte reprodutível e mesmo previsível.



A resistência a β-lactâmicos (por exemplo, penicilina) é mediada pela β-lactamase, que os inactiva hidroliticamente. A resistência bacteriana a novos β-lactâmicos surge primeiro por mutações pontuais no gene β-lactamase (2, 3).



Outro estudo sobre o mesmo assunto estudou a evolução da B-lactamese ‘in vitro’, introduzindo mutações aleatórias através de um método laboratorial designado por error-prone PCR e observando os acontecimentos face ao contacto com o antibiótico B-lactâmico, observando-se mais uma vez que as mutações eram seleccionadas de acordo com o seu conjunto, tendo-se observado a prevalencia de um mutante com um conjunto de 5 mutações.

A primeira abordagem a uma síntese estendida abordou esta questão, reconsiderando o papel da selecção natural como sendo condicionado pela ordem da ocorrência de mutações.  


Segundo Hughes, um processo deste tipo parece provável que tenha tido um papel na origem das alterações adaptativas á sensibilidade espectral de pelo menos algumas rodopsinas de vertebrados. Yokoyama et al. descobriu que alterações funcionais nas rodopsinas, por vezes, necessitam de uma combinação de substituições de aminoácidos em vários locais diferentes. Por exemplo, uma rodopsina dos japoneses congro com Xmax 480 nm alcança esta sensibilidade através da interacção de três diferentes substituições de aminoácidos (em locais 195, 195, e 292). Não parece haver nenhuma maneira da seleção natural favorecer uma substituição de um aminoácido que seria de valor adaptativo somente se duas substituições de outros ocorressem. Pelo contrário, parece mais plausível a hipótese de que duas das três mudanças de aminoácidos foram seletivamente neutras e atreitas a selecção positiva quando combinadas.


A evolução de mutações passíveis de selecção quando ocorrem em determinada ordem ocorre á frente do nariz dos cientistas – pergunto aos criacionistas: alguma dúvida?



Referencias:


Yokoyama, Tada, Zhang and Britt, “Elucidation of phenotypic adaptations: Molecular analyses of dim-light vision proteins in vertebrates,” Proceedings of the National Academy of Sciences, published September 3, 2008, doi:10.1073/pnas.0802426105.



Daniel M Weinreich, Nigel F. Delaney et al – ‘Darwinian Evolution can Follow Only Very Few Mutational Paths fo Fitter Proteins’,Science, Vol 312, Nº5770,2006,p.111-114

The origin of adaptive phenotypes

Austin L. Hughes

Department of Biological Sciences, University of South Carolina, Columbia, SC 29208 - PNAS _ September 9, 2008 _ vol. 105 _ no. 36 _ 13193–13194

Evolução vs Design inteligente II: Evolução Natural de Estruturas Complexas (parte 2)

A EVOLUÇÃO NATURAL DA CASCATA DE COAGULAÇÂO SANGUÌNEA:

Nos mamíferos, o coágulo de sangue é formado pela fibrina, uma proteína fibrosa que se agrega em molhos densos. Normalmente, esta proteína está no sangue na forma de fibrinogénio, tendo um trecho de aminoácidos carregados que impede essa agregação, e é activada pela trombina, uma protease que corta esse pedaço. Por sua vez, a trombina é activada pelo factor X e o factor X pode ser activado por uma de duas outras proteases, também normalmente inactivas, o factor IX ou o factor VII. O factor VII é activado por contacto com proteínas solúveis dos tecidos que só aparecem no sangue em caso de hemorragia interna. O factor IX é activado pelo factor XI, que é activado pelo factor XII, que é activado quando o sangue é exposto ao ar ou a um corpo estranho. O mecanismo parece excessivamente complicado, mas faz sentido porque a cada passo de activação há uma amplificação do sinal. Se cada protease activar 10 moléculas, cada factor XII que se active levará à formação de cem mil moléculas de fibrina. Isto permite uma resposta rápida e excelente às hemorragias, com óbvias vantagens evolutivas para o organismo.

A explicação científica é que estes factores evoluíram por duplicação genética e acumulação de mutações, como evidenciado por serem praticamente todos proteases de serina e muito parecidos entre si. Algumas proteínas teriam tido origem em proteínas usadas na digestão.

Assim, num antepassado comum o mecanismo de coagulação era mais simples mas, por duplicação dos genes e acumulação mutações pontuais, estas proteínas foram se especializando e aumentando a eficácia do sistema.

Se existir uma forma inteligente que optimizou a coagulação, espera-se encontrar este sistema generalizado pelos animais cujo sangue coagula. Em contraste, se o mecanismo evoluiu pela acumulação e selecção de mudanças genómicas, devemos encontrar mecanismos diferentes, de diferentes complexidades, em linhagens diferentes. E é isso que se verifica. Por exemplo, em alguns invertebrados o sangue coagula pela agregação dos glóbulos brancos, naturalmente ‘adesivos’. Como a pressão sanguínea destes animais é baixa, este sistema, mesmo que pouco inteligente e relativamente ineficiente é suficiente para a manutenção da sua vida.
Se o mecanismo de coagulação dos mamíferos evoluiu por duplicação de genes e acumulação de mutações, será de esperar que se possa construir uma árvore filogenética, baseada na homologia. Os dados favorecem a evolução natural. Todas as proteases de serina da cascata da coagulação são homólogas da tripsina, uma protease pancreática, mostrando que não foram projectadas especificamente para a coagulação mas adaptadas de mecanismos pré-existentes.



Por análise comparativa: genes duplicados, subfuncionalizados e neofuncionalizados.

Este processo de evolução também implica que o fibrinogénio descenda de alguma proteína com outros propósitos e da qual se deve poder encontrar vestígios. Assim é. O pepino-do-mar, por exemplo, não tem proteínas de coagulação mas tem variantes do fibrinogénio.

Além de tudo isto, Doolittle realizou experiencias em ratos aos quais faltavam 1 ou 2 elementos na cascata de coagulação. Estes sobreviveram e o sistema (menos eficiente) continuou a funcionar.



A EVOLUÇÃO NATURAL DO CICLO DE KREBS:





Em alguns sistemas, existe uma via chamada hunt glioxilato, que consiste deum atalho de todo o ciclo. Outras vias variantes existem. Então, ao invés de ser um projeto mínimo fixado, o ciclo de Krebs é uma das várias alternativas. Além disso, algumas espécies podem passar sem um ciclo de Krebs completo.


Algumas bactérias anaeróbias atuais possuem todas as enzimas do ciclo de Krebs excepto uma, aα-cetoglutarato desidrogenase. Eles não são capazes de realizar respiração, mas utilizam estas enzimas para sintetizar intermediários importantes na síntese de aminoácidos, nucleotídeos, etc. Sem completar o ciclo de Krebs os organismos são forçados a conservar energia por fermentação com o qual é possível produzir apenas dois ATP por molécula de glicose. O surgimento da α-cetoglutarato desidrogenase tornou a bactéria capaz de efetuar o ciclo de Krebs e com isso produzir mais de 16 vezes a energia que as bactérias anaeróbias. O complexo daα-cetoglutarato desidrogenase, ausente nas bactérias anaeróbicas, provavelmente (por análise comparativa) evoluiu do complexo da piruvato desidrogenase que existe nos anaeróbios parentes dos aeróbios. A evolução do ciclo de Krebs e, posteriormente da mitocôndria foi tão vantajosa que deu origem a quase toda a diversidade biológica que conhecemos hoje, uma vez que a mitocôndria está presente em quase todos os protoctistas e em todos os fungos, plantas e animais.

Não significa que as caracteristicas das estruturas tenham que ter sido obrigatóriamente seleccionadas por desempenharem essa função – as proteínas ancestrais podem ser seleccionadas por desempenharem outras funções, mas podem ocorrer modificações e chegar a determinado ponto em que mais alguma mudança pode ocorrer e transformá-la de modo a desempenhar tal função.

Um estudo recente demonstrou que transferência genética horizontal conferiu metabolismo fermentativo respiratório a tripanossomatídeos Phytomonas serpens através da aquisição de uma enzima essencial á fermentação alcoólica – de uma fitobacteria dadora para um receptor tripanossoma ancestral, que ocorreu antes da separação entre Phytomonas, Leishmania e Crithidia.

Outro estudo (Melendez, 1996) afirma:
The evolutionary origin of the Krebs citric acid cycle has been for a long time a model case in the understanding of the origin and evolution of metabolic pathways: How can the emergence of such a complex pathway be explained? A number of speculative studies have been carried out that have reached the conclusion that the Krebs cycle evolved from pathways for amino acid biosynthesis, but many important questions remain open: Why and how did the full pathway emerge from there? Are other alternative routes for the same purpose possible? Are they better or worse? Have they had any opportunity to be developed in cellular metabolism evolution? We have analyzed the Krebs cycle as a problem of chemical design to oxidize acetate yielding reduction equivalents to the respiratory chain to make ATP. Our analysis demonstrates that although there are several different chemical solutions to this problem, the design of this metabolic pathway as it occurs in living cells is the best chemical solution: It has the least possible number of steps and it also has the greatest ATP yielding. Study of the evolutionary possibilities of each one - taking the available material to build new pathways - demonstrates that the emergence of the Krebs cycle has been a typical case of opportunism in molecular evolution. Our analysis proves, therefore, that the role of opportunism in evolution has converted a problem of several possible chemical solutions into a single-solution problem, with the actual Krebs cycle demonstrated to be the best possible chemical design. Our results also allow us to derive the rules under which metabolic pathways emerged during the origin of life.

Nota: opportunismo evolutivo - coopção de componentes existentes com funções diferentes e reorganização para desempenhar novas funções no ciclo de Krebs.

É importante perceber a perspectiva de que, de todas as alternativas conhecidas, a selecção natural favoreceu a ocorrencia do ciclo de krebs.

Ainda há dúvidas quanto á evolução natural do ciclo de krebs?

Tudo isto leva a poder afirmar que trocas de material genético (que codificavam proteínas que até poderiam desempenhar outras funções ou semelhantes noutro contexto ou não), duplicações, recombinações, e mutações pontuais são processos naturais que podem ter contribuído para a evolução de sistemas complexos - mas não irredutivelmente complexos, pois está claramente demonstrado que esta hipótese sempre que testada se mostrou falsa.

Existe ainda o caso da ATP sintase que foi também referida como sendo irredutivelmente complexa – o que mais uma vez não corresponde á realidade, tendo sido indiciada mais uma vez a ancestralidade comum com outras proteínas (por análise comparativa), sendo observada uma grande divergência, o que leva inferir que divergiram quando a vida (como a conhecemos) possivelmente ainda não existia – possivelmente essa forma de vida não necessitava da degradação de ATP (pelo menos através da ATP Sintase).

Além desta pode destacar-se também o flagelo bacteriano que evoluiu a partir de precursores relativamente simples por sucessivas duplicações e alterações posteriores.


Estas duas estruturas serão futuramente abordadas neste blog (possivelmente só no começo do próximo Verão devido a uma coisinha chamada universidade)

A ocorrencia de duplicação e divergencia, recrutamento de material viral, Splicing alternativo e recombinação de exões, transferencia horizontal e mutações que aperfeiçoam funções (tudo isto observado na natureza) não podem ser inventadas para fornecer uma explicação naturalista – elas ocorrem na natureza e há evidencias de que tenham originado sistemas complexos a partir de sistemas mais simples.


No entanto alguém pode ainda afirmar que é difícil (se não impossível o surgimento) gradual certas estruturas – a evolução natural não é obrigatoriamente um processo muito gradual – genes duplicados tendem a ter uma evolução acelerada. A evolução natural nada tem de impossível – os mecanismos conhecidos por si só (cada um) podem não conseguir explicar tudo, mas todos combinados (como exemplo abstracto: duplicação, transferência horizontal, Splicing alternativoe recombinação de exões e mutações em menor escala), poderão fornecer uma explicação cientificamente aceitável para o nível actual do conhecimento humano.

Se ainda restam dúvidas de que a ancestralidade comum (a partir de um ancestral funcional) e os resultados das análises comparativas deitam a baixo o argumento da complexidade irredutível, atentemos no argumento central do autor da ‘Caixa Preta de Darwin’: “(…) any precursor to an irreducibly complex system that is missing a part is by definitionnonfunctional.” - nunca teria existido um precursor de sistemas irredutivelmente complexos porque este seria por definição não-funcional. Alem das evidências a favor da ancestralidade comum, há evidências de um ancestral comum funcional – apenas com uma função menos complexa.




Referencias:

1) Xu, Doolittle, Presence of a vertebrate fibrinogen-like sequence in an echinoderm. PNAS 87(6):2097-101, 1990.
2) Texto de Ken Miller - The Evolution of Vertebrate Blood Clotting («Finding Darwin's God»)



3) Horizontal gene transfer confers fermentative metabolism in the respiratory-deficient plant trypanosomatid Phytomonas serpens - Ienne S, Pappas G Jr, Benabdellah K, González A, Zingales B. - Infect Genet Evol. 2012 Apr;12(3):539-48. Epub 2012 Jan 25.




4) The puzzle of the Krebs citric acid cycle: assembling the pieces of chemically feasible reactions, and opportunism in the design of metabolic pathways during evolution - Meléndez-Hevia E, Waddell TG, Cascante M. - J Mol Evol. 1996 Sep;43(3):293-303.





Síntese Evolutiva Estendida: A Selecção Multinivelada e o Centrismo Genético (correcção)

A visão de Richard Dawkins centrada na selecção de genes, longe de estar errada é incompleta. Da síntese estendida consta a teoria da selecção multinivelada (MLS) e o conceito de transições 'major' a ela associado.
A MLS constata o facto de alguns genes não serem vantajosos localmente, mas vantajosos numa escala mais vasta. De acordo com esta sintese estendida, Darwin estava certo: traços podem evoluir devido ao facto de benificiarem grupos - é esta a grande diferença entre esta nova teoria e a ideia de centrismo genético de Dawkins. O equilibrio entre niveis de selecção não é estático, mas pode evoluir quando a selecção entre-grupos domina a selecção intra-grupos.

O grupo torna-se tão funcionalmente organizado que se transforma num organismo em alta-escala - exemplo da evolução humana. Este tipo de interacção pode ser comparado á teoria endossimbiótica de Lynn Margulis.


Referências:

Evolution – The Extended Synthesis, edited by Massimo Pigliucci & Gerd B. Muller, MIT Press (2010) (Parte II - capítulo 4).