quarta-feira, 3 de julho de 2013

Evolucionismo Teísta: a adaptação do cristianismo á ciência moderna

Os cristãos (sobretudo os católicos) têm tentado adaptar o relato de Génesis sobre as origens (de onde provém o criacionismo) ao consenso científico como, por exemplo, a evolução (tanto o facto, como a teoria) e a idade da Terra de 4,5 biliões de anos, afirmando que o relato da criação divina de Adão e Eva é uma metáfora que apenas transmite o acto de deus ter criado o universo (e previsto a origem e evolução da vida na Terra). Mas não faria mais sentido se deus revelasse ao Homem o modo como a criação ocorreu para não haver confusões? Claro que sim. Além disso não me parece que o conto tenha sido escrito como metáfora, mas sim como um conto etiológico, provavelmente para explicar as origens ás crianças de um modo simples e á luz do conhecimento da época sobre o assunto (que não existia). As pessoas podem interpretá-lo como quiserem. O que acontece é que interpretá-lo como uma metáfora não faz sentido, pois só daria origem a confusões, o que não é próprio de um deus benevolente, omnisciente, omnipotente, etc. Faria mais sentido que um deus desses revelasse ao Homem exactamente como as coisas tinham ocorrido para que não se originassem as confusões que já se originaram.

 Á luz da ciência moderna, o que passa a fazer sentido é que o génesis nada tenha de factual, tal como outros contos etiológicos, pois a teoria da evolução é a hipótese que está de acordo com as observações e não o relato do génesis (ou qualquer outra invenção criacionista a partir deste). Como já deixei claro anteriormente, a interpretação da metáfora também não faz sentido. Então, o cristianismo fica sem deus criador (seja do universo, seja de Adão e Eva) e com um mito de ressurreição semelhante a outros. Na prática fica sem nada. 

«Meyer’s Hopeless Monster»

 Li (outra vez) a revisão («Meyer’s Hopeless Monster», Panda’s Thumb) do artigo de Stephen C. Meyer, “The origin of biological information and the higher taxonomic categories publicado na revista “Proceedings of the Biological Society of Washington”, por Nick Matzke, Alan Gishlick e Wesley R. Elsberry, citada neste artigo «Review: “Darwin’s Nemesis”» no site do NCSE (http://ncse.com/rncse/26/6/review-darwins-nemesis). O artigo de Meyer foi publicado, mas depois foi repudiado, devido ao facto da revisão não ter sido realizada correctamente. O artigo era suposto ser de revisão, mas Meyer foi um perfeito incompetente no que respeita à consulta e análise da literatura científica sobre a origem de novos genes e proteínas (por exemplo, por duplicação), sobre a “explosão” do Câmbrico (relativamente aos fósseis de transição existentes) e sobre função proteica (valores probabilísticos determinados mais elevados do os que Meyer refere e uso de um alvo muito restrito nas estimativas referidas – o caso da enzima defeituosa de Douglas Axe). Meyer cita Michael Denton sobre o isolamento de sequências (impossibilidade de conversão entre elas). Meyer citou uma publicação de 1986 (!?), apresentando uma posição que deixou de ser defendida por Denton (Denton, 1998), que se retratou diante das evidências moleculares a favor da evolução. Além de tudo isto, Meyer fez uso do termo CSI, mas de um modo bem distinto do original de Dembski, o que só provoca mais confusão e não contribui em nada para o esclarecimento desse assunto. Depois disto tudo, será que há ainda alguém que acha que este artigo devia ter sido publicado numa revista científica que pretenda manter a credibilidade? Se ainda há, é porque não leram o artigo de Stephen Meyer criticamente, não leram a revisão, não leram o meu texto ou não perceberam / não quiseram perceber o que leram.

Referências (fornecidas pelos autores da revisão):

Axe D. D., Foster N. W., Fersht A. R. 1996. “Active barnase variants with completely random hydrophobic cores.” PNAS 93(11):5590-4.PubMed
Axe, D. D. 2000. “Extreme functional sensitivity to conservative amino acid changes on enzyme exteriors.” Journal of Molecular Biology301(3):585-95. PubMed
Axe, D. D. 2004. “Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds.” Journal of Molecular Biology341(5):1295-1315. PubMed – In press: http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.06.058
Behe, M. 2004. “Irreducible complexity: obstacle to darwinian evolution” in Debating Design: From Darwin to DNA. Edited by W. A. Dembski and M. Ruse. Cambridge University Press, pp. 352-370. Amazon
Budd, G. E. and S. E. Jensen. 2000. A critical reappraisal of the fossil record of the bilaterian phyla. Biological Reviews of the Cambridge Philosophical Society 75:253-295. PubMed
Buss, L. W. 1987. The evolution of individuality. Princeton University Press, Princeton. 201p. Amazon
Carroll, R. L. 1997. Patterns and Processes of Vertebrate Evolution. Cambridge Paleobiology Series #2. Cambridge University Press, New York. Amazon
Chellapilla, K. and Fogel, D. B. 2001. “Evolving an Expert Checkers Playing Program without Using Human Expertise.” IEEE Transactions on Evolutionary Computation, 5:4, pp. 422-428. http://www.natural-selection.com/Li[…]EEE-TEVC.pdf
Chen, J-Y., Bottjer, D. J., Oliveri, P., Dornbos, S. Q., Gao, F., Ruffins, S., Chi, H., Li, C.-W., and Davidson, E. H. 2004. “Small Bilaterian Fossils from 40 to 55 Million Years Before the Cambrian.” Science 305(5681):218-222. Journal – PubMed
Davis, P., and Kenyon, D. H. 1989. Of Pandas and People: The Central Question of Biological Origins. Haughton Publishing Company.
Denton, M. J. 1986. Evolution: A Theory in Crisis. Woodbine House.
Denton, M. J. 1999. “The Intelligent Design Movement: Comments on Special Creationism.” in Darwinism Defeated? The Johnson-Lamoureux Debate on Biological Origins. Regent College Publishing, pp. 141-153.
Denton, M. J. 1998. Nature’s Destiny : How the Laws of Biology Reveal Purpose in the Universe. Free Press.
Dembski, W. A. 2002. No Free Lunch. Rowman & Littlefield.
Eldredge, N., and Gould, S. J. 1972. “Punctuated equilibria: an alternative to phyletic gradualism.” In: Models In Paleobiology. Edited by T. J. M. Schopf. Freeman, Cooper, San Francisco. pp. 82-115. Amazon
Elsberry, W. R. and Shallit, J. O. 2003. Information Theory, Evolutionary Computation, and Dembski’s “Complex Specified Information”.http://www.antievolution.org/people[…]sdembski.pdf
Foote, M. 1997. “Sampling, taxonomic description, and our evolving knowledge of morphological diversity.” Paleobiology 23:181-206.
Foote, M. Hunter, I. P., Janis, C. M. & Sepkoski, J. J. 1999. “Evolutionary and preservational constraints on origins of biologic groups: Divergence times of eutherian mammals.” Science 283:1310-13 14.
Gishlick, A. 2004. “Evolutionary Paths to Irreducible Systems: The Avian Flight Apparatus.” in Why Intelligent Design Fails: A Scientific Critique of the New Creationism. Young, M. and Edis, T., eds. Rutgers University Press. pp. 58-71. Website
Gould, S. J., and Eldredge, N. 1977. “Punctuated equilibria: the tempo and mode of evolution reconsidered.” Paleobiology 3(2):115-151.JSTOR
Grande, L. and O. Rieppel, eds. 1994. Interpreting the hierarchy of nature: from systematic pattern to evolutionary process theories. Academic Press, San Diego. 298p.
Harvey, P. H., Leigh Brown, A. J., Maynard Smith, J., and Nee, S., eds. 1996. New Uses for New Phylogenies. Oxford University Press, New York. 349p.
Jacob, F., 1977. Evolution and Tinkering. Science 196 (4295), 1161-1166. JSTOR – PubMed
Long, M. 2001. “Evolution of novel genes.” Curr Opin Genet Dev 11(6):673-80. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2000. “The evolutionary fate and consequences of duplicate genes.” Science 290(5494): 1151-1155. PubMed
Lynch, M. and Conery, J. S. 2003. “The evolutionary demography of duplicate genes.” J Struct Funct Genomics 3(1-4): 35-44. PubMed
Mayr, E. 1960. “The Emergence of Evolutionary Novelties.” in Evolution After Darwin: Volume 1: The Evolution of Life: Its Origin, History, and Future, Sol Tax, ed. The University of Chicago Press, Chicago, IL. pp. 349-380.
Moore, R. C. and Purugganan, M. D. 2003. “The early stages of duplicate gene evolution.” PNAS 100(26): 15682-15687. PubMed
Padian, K., and Angielczyk, K. D. 1999. Are there transitional forms in the fossil record? In P.H. Kelley, J.R. Bryan, and T.A. Hansen eds. The Evolution-Creation Controversy II: Perspectives on science, religion, and geological education. Paleontological Society Papers 5:47-82.
Prijambada ID, Negoro S, Yomo T, Urabe I. 1995. “Emergence of nylon oligomer degradation enzymes in Pseudomonas aeruginosa PAO through experimental evolution.” Appl Environ Microbiol 61(5):2020-2. PubMed
Seffernick, J. L. and Wackett, L. P. (2001). “Rapid evolution of bacterial catabolic enzymes: a case study with atrazine chlorohydrolase.”Biochemistry 40(43): 12747-12753. PubMed
Shu, D.-G., Conway Morris, S., Han, J., Zhang, Z.-F., and Liu, J-N. 2004. “Ancestral echinoderms from the Chengjiang deposits of China.”Nature 430:422-428.
Stanley, K. O. and Miikkulainen, R. 2004. “Competitive Coevolution Through Evolutionary Complexification.” Journal of Artificial Intelligence Research 21: 63-100, 2004. Abstract
Taylor, S. V., Walter, K. U., Kast, P. and Hilvert, D., 2001. “Searching sequence space for protein catalysts.” PNAS 98 (19), 10596-10601.PubMed

Vrba, E. S. and S. J. Gould. 1986. “The hierarchical expansion of sorting and selection: sorting and selection cannot be equated.”Paleobiology 12:217-228.

terça-feira, 2 de julho de 2013

A rocha mais antiga

Em 2008, geólogos encontraram no Quebeque, Canadá uma rocha que é parte da proto-crusta terrestre (crusta primitiva) e data de há cerca de 4, 3 mil milhões de anos. É talvez a rocha mais antiga encontrada e estudada até hoje e a sua datação foi conseguida através do relógio radioactivo do samário (Sm) 146. A descoberta foi revelada na revista Science, em Setembro de 2008.

Criacionistas, morram de vergonha! 

Ref.:

Evolução e saúde IV (a teoria da evolução não é inútil!)

Numa visita ao "Panda's Thumb", li um texto que me lembrou (isso já tinha sido abordado nas minhas aulas de biologia celular) mais uma utilidade da teoria da evolução no campo da investigação médica.
Muitas vezes estudam-se utilizam-se produtos da evolução que tem uma origem comum com os dos humanos. Um dos animais mais utilizados para ensaios laboratoriais é o rato. A razão pela qual se utilizam os ratos no estudo de doenças humanas e tratamentos para doenças humanas é que por causa da ancestralidade comum o corpo de um rato e o seu conjunto de genes é semelhante o suficiente ao corpo e conjunto de genes do humano, de um modo que o faz desenvolver patologias semelhantes e responder de um modo semelhante aos tratamentos médicos. 
Outras semelhanças que podem ser aproveitadas para ensaios laboratoriais são o resultado de evolução convergente como, por exemplo, os olhos humanos e os olhos da lula, que desenvolvem os mesmos defeitos que os dos humanos, como a miopia (*).
A teoria da evolução é de facto muito útil para qualquer investigador da área da saúde, a vários níveis. Muita  gente ignora a importância da teoria da evolução (e não me estou apenas a referir a criacionistas), o que é lamentável. 

(*) Nota: nesta entrevista (http://vimeo.com/67390729) o optometrista Philip Turnbull explica como a evolução convergente do olho humano e da lula pode ajudar os cientistas a entender os problemas visuais humanos.  

Adenda a "Evolução e saúde II"

"A variação decorrente de mutações nos vírus é tida em conta relativamente à vacinação e à administração de fármacos anti-virais." - É verdade que a teoria da evolução não ajuda a prever que tipo de vacinas e fármacos devemos desenvolver num futuro face à evolução dos agentes etiológicos, mas contamos com essa evolução, estamos à espera dela e monitorizamos a situação. 

domingo, 30 de junho de 2013

Ancestral comum ou criador comum? (parte II)

Voltando ao chiqueiro criação vs evolução.

Como eu no texto anterior referi, Stephen Meyer está de volta (com um livro intitulado "Darwin's Doubt" ou, como o biólogo Nick Matzke  gosta de lhe chamar, "Meyer's hopeless monster, parte II"). Stephen Meyer deixou clara a sua posição num dos capítulos do seu livro: «é possível que os genes semelhantes possam ter sido criados separadamente para satisfazer necessidades funcionais semelhantes em contextos orgânicos diferentes», que pouco difere do tradicional "porque deus quis". Será que Meyer realmente acha que o designer (o deus judaico-cristão, deixem-se de tretas) brincou, por exemplo, com o genoma de uma espécie Drosophila entre milhares, produziu o sdic, colocou-o entre os dois genes que parecem ser os pedaços dos genes ancestrais, imitou o processo de mutação típico e, em seguida, fez uma redução direccionada da diversidade genética imitar a acção recente da selecção natural (1, 2)? Mesmo que se aceitasse que é possível que deus tivesse feito os genes semelhantes por causa da sua função, não explica o contexto. Além disso normalmente os genes duplicados divergem em função. Porque não fazer 2 genes que não pareçam duplicados (que não pareçam homólogos, neste caso parálogos), cada um com sua função e nada para enganar os cientistas? A resposta mais óbvia é porque não foi obra de nenhum deus, foram os processos naturais que já se sabe que produzem o efeito em questão.
A homologia (entre genes, proteínas ou estruturas anatómicas de organismos de espécies diferentes) é uma previsão da teoria da evolução. Esta foi cumprida. Mas agora os criacionistas estão todos histéricos a dizer que é devida a um criador comum. Pois... E isto: «Curiosamente, embora AIM2 seja importante na defesa contra algumas bactérias e vírus em ratos, AIM2 é um pseudogene na vaca, ovelha, lama, golfinho, cão e elefante. Os outros 13 genes de rato surgiram por duplicação e rearranjo dentro da linhagem, o que permitiu alguma diversificação nos padrões de expressão» (3). É claro que se pode dizer que os pseudogenes foram lá postos porque "deus quis" e não indicam ancestralidade comum, o que não explica rigorosamente nada e não encaixa sequer na noção de semelhança sequencial devido à semelhança funcional. 
Mais ainda: A mioglobina do molusco da califórnia Sulculus diversicolor tem uma estrutura diferente de mioglobina normal,
As 2 cadeias alfa e as 2 beta da hemoglobina
(originadas por duplicação),
cada uma ligada a um grupo heme .
mas tem uma função semelhante - ligação ao oxigénio reversível. O peso molecular de 41kD Sulculus mioglobina é, 2,5 vezes maior do que outros mioglobinas. Além disso, a sua sequência de aminoácidos tem nenhuma homologia com outros mioglobinas de invertebrados ou hemoglobinas, mas é 35% homóloga com indoleamina dioxigenase (IDO) humana. Outro exemplo é o das Hemoglobinas em vertebrados com mandíbula e peixes sem mandíbula, que evoluíram de forma independente. As hemoglobinas de ligação ao oxigénio de peixes sem mandíbula evoluíram a partir de um antepassado da citoglobina que não tem função de transporte de oxigénio e é expressa em células de fibroblastos. São dois bons exemplos de evolução convergente funcional. (4, 5) Por outro lado as hemoglobinas do chimpanzé e dos humanos são homólogas, mais semelhantes entre si do que entre qualquer uma delas e a sua homóloga no golfinho ou na baleia, tal como é de prever se a evolução correspondesse à realidade (6, 7). Com que então são iguais porque desempenham funções semelhantes de acordo com a vontade de deus, Dr Meyer? E precisam de ser iguais? No caso da hemoglobina, certamente que não. E o lixo no genoma? O deus do Stephen Meyer gosta muito de lixo genético (por isso mesmo deve gostar muito do Stephen Meyer). 


Referências:


1. http://www.oeb.harvard.edu/faculty/hartl/lab/PDFs/Ponce-06-Gene.pdf

2. http://www.sciencemag.org/content/291/5501/128.short 
3. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3458909/ 
4. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8765749
5. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2922537/
6. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/6639644
7. http://todd.jackman.villanova.edu/HumanEvol/WilsonKing1975.pdf 

Notas: 

1. Mais informações sobre o assunto nos arquivos do "Talkorigins" (disponível aqui: http://www.talkorigins.org/faqs/comdesc/)
2. Relativamente ao conteúdo do livro de Stephen Meyer, foi consultada a revisão pelo biólogo Nick Matzke no "Panda's Thumb" ("Meyer's hopeless monster, parte II"); as referências 1 e 2 foram encontradas através de um texto do mesmo autor no "Panda's Thumb" ("Random responses to Luskin on evolution of creationism, quotes, and information")

sábado, 29 de junho de 2013

Os criacionistas contra-atacam (ou Criacionistas, parem de se meter com a biologia)

A explosão do Câmbrico e a origem de novos genes:

Eu não entendo uma coisa: a persistência dos criacionistas. Já várias vezes ao longo da história, os criacionistas procuraram indícios da criação divina nos seres vivos e as outras hipóteses (diferentes da criação divina, nas quais eu não incluo a geração espontânea) sempre se saíram melhor, a partir do momento em que foi possível recolher alguma informação de jeito sobre a nossa realidade, do que o criacionismo. Isso começou quando Charles Darwin viajou no "Beagle", apesar de outras hipóteses evolutivas já terem sido propostas, há mais de 150 anos atrás. A teoria da evolução veio para ficar. Algumas coisas podem ser acrescentadas, é claro, mas a base vai ser sempre a teoria sintética da evolução. Não há nada na biologia de que os criacionistas possam beneficiar para apoiar o criacionismo. Desistam. Estão a fazer figuras tristes. Basta ver o exemplo do William Dembski e do Stephen Meyer, que voltou agora à carga com a porcaria da informação, da origem de novos genes e da explosão do câmbrico, cuja designação de "explosão", nem merece continuar a ser utilizada, pois foi tudo menos uma ocorrência repentina. Demorou muitos milhões de anos (sim, a escala é em milhões). Este filósofo (embora com formação em geologia) e criacionista de meia-tigela armado em cientista ignorou uma data de fósseis que mostram as transições que ocorreram entre organismos mais simples e mais complexos (entre outras parvoíces). Eu digo armado em cientista, pois os criacionistas por definição não são cientistas, pois são pessoas que partem da premissa que a sua fé no criacionismo está de acordo com a realidade e, então, tentam de tudo para espalharem mentiras sobre a evolução e sobre o que as evidências mostram. Já chega de tanta parvoíce. Às vezes parece que os criacionistas são masoquistas, pois adoram fazer figuras tristes e ser gozados. Stephen Meyer teve o descaramento de tentar refutar o papel da duplicação de genes e de outros mecanismos naturais no aparecimento de novos genes (chiça, isso foi abordado nas minhas aulas no semestre passado - muitos dos nossos genes são duplicados e um bom exemplo são os genes da hemoglobina e da mioglobina), abordando este óptimo artigo sobre o assunto: "The origin of new genes: glimpses from young and old" (1), que vale a pena ler e tem um óptimo quadro a esquematizar as mutações que levam á formação de novos genes: 
  • recombinação de exões (de diferentes genes), 
  • duplicação e divergência (modelo mais clássico), 
  • recrutamento de transposões, 
  • transferência lateral, 
  • fusão e fissão genética, 
  • origem a partir de uma região não-codificante ("de novo"). 
Alguns destes mecanismos foram dados no semestre passado (na aula de genética molecular). Mas é claro que basta os criacionistas vomitarem uma data de esterco na Internet e em livros populares para isso tudo desaparecer. Metem nojo.

Nota: A notícia do mais recente monte de esterco saído do traseiro do Stephen Meyer pode ser encontrada aqui: Meyer’s Hopeless Monster, Part II ("Panda's Thumb") e aqui fica a lista de referências que o autor do texto indicou:

É de notar que muitos são sobre a explosão do câmbrico. É um assunto bem estudado, do qual os cientistas já compreendem bastante, só os criacionistas é que não são capazes sequer de fazer um pesquisa rápida pela porcaria do pubmed (NCBI) - há uma data deles (aceder aqui: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=cambrian+explosion+evolution). 

Ref.:


1. "The origin of new genes: glimpses from young and old" (http://faculty.washington.edu/wjs18/Newgenes.pdf ou http://www.nature.com/nrg/journal/v4/n11/abs/nrg1204.html, para quem quiser pagar)

Evolução e Informação II: O Design inteligente já faz parte da literatura científica... ou não.

Pois, é verdade que o William Dembski teve um artigo seu publicado, passando por revisão de pares, numa revista de engenharia e o artigo apoia a "teoria" do criacionismo design inteligente e tudo... ou não. É claro que o artigo nem menciona tal parvoíce. Quanto muito o artigo pode servir de argumento para o evolucionismo teísta (embora também não mencione nada que se pareça), mas não para o criacionismo do design inteligente. No entanto, mesmo quanto a esse ponto de vista, seria um argumento muito fraco, pois não é necessário que um deus tenha estruturado a realidade, podem ser apenas as leis da física a comandarem isso. Isto tudo porque Dembski argumenta que a informação reside no modo como a aptidão (fitness) muda ao longo de genótipos vizinhos, de um modo que torna possível a evolução por selecção natural (pode-se dizer que a selecção “transfere” a informação para o genótipo). Como raio é que isto é um argumento a favor do criacionismo do design inteligente? Para não mencionar o facto disso nem ser mencionado no artigo. 
Para mais informações, consultar o post referente ao assunto no "Panda's Thumb" (disponível aqui: http://pandasthumb.org/archives/2009/08/a-peer-reviewed.html).
O William Dembski escrevinhou mais uns artigos na mesma linha, ignorando as críticas. Muito poucos foram publicados em revistas científicas cujo processo de admissão inclui revisão de pares - revisão de pares a sério e não criacionistas enviesados a deixarem passar todo o lixo que por lá aparece, como na nova "revista científica" (que disso não tem nada) gerida por pessoal do Discovery Institute, "Bio-Complexiy". Se ao menos os criacionistas tivessem tanto jeito para ciência como têm para inventar nomes pomposos, o futuro do William Dembski na comunidade científica seria promissor. Mas se assim fosse não seriam criacionistas, pois não?