Música para passagem de modelos

Ouvi esta música hoje na Stradivarius e achei que se fosse eu a organizar uma passagem de modelos, com roupas com um estilo jovem, mas ao mesmo tempo chique, esta seria a música escolhida. Eu tenho sempre boas ideias (quase sempre). 

Filogenética: ferramentas online básicas (Adenda)

Outro programa que pode ser utilizado para calcular a árvore filogenética, introduzindo os dados do alinhamento de sequências, é o TNT  (máxima parcimónia), que pode ser utilizado online aqui:

http://www.phylogeny.fr/version2_cgi/one_task.cgi?task_type=tnt ou pode ser descarregado. 

Como cusiosidade, o TNT foi utilizado no trabalho de investigação sobre o Eosinopteryx (1). 

Outro programa que pode ser utilizado é este: http://www.cbrg.ethz.ch/services/PhylogeneticTree (distância e parsimónia), em que o alinhamento é opcional e as sequências podem ser em formato FASTA como tem sido costume. 
Uma árvore resultante desta análise é algo como isto, se for seleccionada a opção "unrooed":

distance tree

Tree(Leaf(opossum,-45.7098,5),0,Tree(Tree(Leaf(guineapig,-65.3521,6),-18.2245,
Tree(Leaf(mouse,-42.7937,1),-39.6013,Leaf(rat,-44.1639,3),0.9996),0.3559),
-15.2000,Tree(Leaf(horse,-34.8720,7),-26.5145,Tree(Leaf(dog,-41.2081,2),-29.9667
,Leaf(cow,-45.8691,4),0.3930),0.7587),1))

parsimony tree

Tree(Tree(Leaf(cow,31.5000,4),8.5000,Leaf(dog,33.5000,2)),0,Tree(Leaf(opossum,
85.5000,5),8.5000,Tree(Tree(Leaf(guineapig,124.5000,6),62.5000,Tree(Leaf(rat,
109.5000,3),98.5000,Leaf(mouse,110.5000,1))),26.5000,Leaf(horse,63.5000,7))))

Mas se for seleccionada a opção "Phylogram", aparece algo como isto: 

parsimony tree

Tree(Leaf(a,58.5000,1),0,Tree(Leaf(c,133.5000,3),58.5000,Leaf(b,126.5000,2)))

Ref.:

1. http://www.nature.com/ncomms/journal/v4/n1/extref/ncomms2389-s1.pdf 

Sistemas irredutivelmente complexos e evolução

A definição mais usada pelos criacionistas do design inteligente é a primeira proposta por Michael Behe (“Darwin’s Black Box”), que é basicamente assim: um sistema composto por várias partes que interagem e que contribuem para a sua função básica, no qual a remoção de uma das partes faz com que o sistema deixe de funcionar; normalmente é acrescentado pelos criacionistas (Michael Behe incluído) que, por isso, o sistema não pode ter evoluído. Se contarmos com esta parte que os criacionistas gostam tanto de acrescentar, nenhuma estrutura biológica ou via bioquímica (conhecida) corresponde á descrição e (michael Behe referia-se especificamente a estas). Mas é claro que se tirarmos esta afirmação ridícula, é claro que há estruturas biológicas irredutivelmente complexas. Mas a parte de não poderem evoluir é falsa. Estruturas irredutivelmente complexas, como o flagelo bacteriano e a cascata de coagulação sanguínea podem evoluir, ao contrário do que tentam argumentar os criacionistas. E isso, já eu demonstrei neste blog anteriormente.

É claro que existem homólogos de certas proteínas que são componentes da cascata de coagulação humana que funcionam muito bem sem todos os componentes, o que nos pode dar algumas indicações sobre sua evolução. Além disso, a definição a que me referi primeiro, sobre as várias partes serem todas necessárias, nada diz sobre como nada indica sobre o modo como a via ou estrutura surgiu, nada diz sobre os seus precursores.

O debate entre P.Z. Myers e Jerry Bergman em Novembro de 2009 na Universidade do Minesota foi bastante elucidativo relativamente ao valor do conceito de complexidade irredutível para os criacionistas do design inteligente, que é zero. Não contribui em rigorosamente nada para o “debate”.

Aqui fica o vídeo do debate (menos as introduções).

Ancestral comum ou criador comum? (reeditado)

Mais uma vez vi a afirmação de que não podemos distinguir se as semelhanças moleculares ou anatómicas entre espécies são devidas à ancestralidade comum ou a um criador comum no "Uncommon Descent". 

Os seres vivos reproduzem-se e a prole herda características dos seus ancestrais. Isto é um facto observável na natureza. Se os seres vivos se forem reproduzindo, as populações divergindo a partir de uma população ancestral, o resultado é que vão existir semelhanças entre si que ambos herdaram do seu ancestral. Tudo o que é necessário é reprodução para herdar características e isso acontece a toda a hora debaixo dos nossos olhos. O que observamos é exactamente o que seria de esperar se a vida como hoje a conhecemos fosse um resultado da reprodução dos seus ancestrais durante milhões de anos. A descendência com modificação a partir de um ancestral comum é adequada para explicar as semelhanças entre dois indivíduos da mesma espécie ou de espécies diferentes. Já um criador invisível, cuja acção mimetiza o resultado de processos naturais em nada é útil, pois não deixa evidências que permitam distinguir entre uma hipótese e outra e além disso não tem qualquer poder explicativo relativamente ao modo como tudo foi concebido, a que se devem essas semelhanças. Foi apenas porque “deus quis”? Isso não explica rigorosamente nada. É óbvio que essa falta de poder explicativo enfraquece a ideia de que há um criador por trás de todo o padrão de semelhanças e diferenças que podemos constatar. É ainda de notar que eu posso usar um deus que produz os mesmos efeitos que fenómenos naturais conhecidos para explicar tudo e mais alguma coisa - por exemplo, o efeito das partículas virtuais pode ser explicado pela acção sobrenatural de deus. E esta? O pior é que "deus fez" não explica nada.   

A teoria da evolução explica muito bem as semelhanças e diferenças encontradas em organismos de diferentes espécies (e da mesma espécie). Quanto à hipótese do criador comum nem devia mais ser discutida. É inútil. Acabou.  

Mas a herança vertical não é a única explicação para as semelhanças. Vários processos evolutivos observados, como evolução paralela, evolução convergente e recombinação são também capazes de explicar certas semelhanças, incluindo moleculares (embora isso não seja muito frequente). Um estudo em que se justificou escolher a opção ancestralidade comum em vez de evolução foi o estudo de Douglas Theobald sobre ancestralidade comum universal, sobre a hipótese do LUCA (que referi anteriormente aqui no blog). E é isto que os cientistas têm que averiguar e não andar a perder tempo com criadores imaginários.  

P. Z. Myers: Evolução e desenvolvimento

P.Z. Myers deu uma palestra muito interessante em 2011 para a organização Glasgow Skeptics em Glasgow, na Escócia (Reino Unido). Da palestra constou a apresentação das evidências da evolução provenientes do estudo da embriologia e da genética, relativamente aos genes do desenvolvimento. Myers abordou a existência do estádio filotípico, enfatizando o estádio faríngula, comum a todos os vertebrados (no qual são observados os tão conhecidos arcos branquiais), que apoia a hipótese da ancestralidade comum a todos os vertebrados. Abordou também a existência de genes homeóticos homólogos, por exemplo, em moscas e em ratos, mas uma vez, apoiando a hipótese da ancestralidade comum. No fim, na parte de perguntas e respostas (Q&A), a maioria das pessoas foi respeitosa para com o professor, sendo-lhes retribuído o devido respeito. No entanto um criacionista, que já antes tinha dirigido (online) perguntas que revelaram a sua ignorância e até má educação a Myers, apareceu na palestra para o chatear com as mesmas perguntas parvas que tinham a ver com as diferenças nos estágios/ vias de desenvolvimento de diferentes espécies. O criacionista com as parvoíces que disse, deu a impressão de esperar que (pela teoria da evolução) estes tivessem que ser iguais em espécies diferentes relacionadas (absurdo) e que a parte inicial do desenvolvimento deveria apresentar-se conservado (treta). Ou seja, o criacionista (Jonathan M.) tentou refutar um espantalho. Boa tentativa, mas o que conseguiu foi ser gozado por quase todos os presentes num pub Escocês cheio de gente. E mais tarde gozado no blog de Myers, “Pharyngula”.  

Aqui ficam os 2 videos (palestra e Q&A):

Mais sobre o assunto aqui no "Phayngula": http://scienceblogs.com/pharyngula/2011/06/17/jonathan-maclatchie-collides-w/

O meu ponto de vista sobre Jesus

É um tema sobre o qual não penso muito, mas ontem comecei a pensar. Não sei muito sobre o assunto, mas sei que é tema de muita especulação. Desde que foi casado com uma mulher chamada Maria Madalena (coincidência), e tinha um filho chamado Judas em memória do seu companheiro Judas (a quem pediu que o traísse), até que viveu até velho, etc. Também há quem diga que não existiu e que foi apenas um mito adaptado de mitos pagãos, quem diga que originalmente fazia parte de uma seita em que João baptista era o líder, que depois se separou (Jesus para um lado e ele para o outro), entre outras coisas. Como é óbvio eu não acredito que existiu (nem que existe) um deus (e filho de um deus) chamado Jesus nem que este ressuscitou dos mortos. O que eu não ponho de parte é que possa ter existido um Jesus (ou mais do que um) com alguma relevância religiosa/moral na época, com ideias que já se distinguiam do judaísmo e que deu origem ao mito bíblico de que Jesus era deus e o seu filho. Não ponho de parte, mas mais uma vez, não sei o suficiente. Pelo que sei poucos historiadores aceitam a sua inexistência, sendo aceite que existiu um Jesus histórico na Galileia, nascido entre 7 e 2 a.c. Jesus falava aramaico, hebreu  e possivelmente grego (1). Eu não ponho também de parte que o mito Bíblico seja uma mistura de mitos pagãos com uma pessoa que realmente existiu. Existem de facto semelhanças com vários deuses pagãos, incluindo Hórus, Osíris da mitologia egípcia e Tamuz da mitologia suméria (milhares de anos antes do Jesus histórico). Até as representações de Maria com Jesus são provavelmente baseadas nas representações de Ísis com Hórus. Existem também algumas semelhanças com Buda. E, sem surpresas, as semelhanças são nas partes em que ocorrem eventos sobrenaturais, como a ressurreição, a luta contra a tentação de Satanás e andar sobre a água. A invenção do nascimento de uma virgem é nova (2,3), mas também não é difícil de explicar (não estejam já a pensar em partenogénese humana – então e o cromossoma Y?): os casamentos muitas vezes eram arranjados e as mulheres jovens não tinham escolha, mesmo que gostassem de um homem diferente daquele com quem iam casar obrigatoriamente, pelo que era possível ficarem grávidas de relações com outro que não o noivo/marido e, então, tinham que disfarçar de alguma maneira. Não é assim tão difícil de perceber como as coisas funcionam quando não se ama o homem ou mulher com quem se casou ou se vai casar.   

Resumindo: provavelmente existiu um homem chamado Jesus, influente em termos religiosos, então os cristãos acrescentaram à personagem um pouco de mitologia antiga e assim inventaram um deus chamado Jesus (neste caso uma das 3 pessoas de um deus trino). 

Ref.:

1.http://en.wikipedia.org/wiki/Historicity_of_Jesus#Methods_of_research 

2.https://pt.wikipedia.org/wiki/Jesus_nas_compara%C3%A7%C3%B5es_mitol%C3%B3gicas

3.https://pt.wikipedia.org/wiki/Mito_de_Jesus#Supostas_semelhan.C3.A7as_entre_as_divindades_pag.C3.A3s_com_Jesus_Cristo

O Mats tem vergonha da sua própria burrice

O Mats (autor do blog "Darwinismo") aplicou moderação nos comentários, o que não tem mal nenhum. O problema é a maneira como o Mats gere essa situação. É óbvio que spam, publicidade, comentários insultuosos ou desrespeitosos e coisas no estilo são coisas bastante chatas de se ter na caixa de comentários (embora normalmente spam e comentários insultuosos ou desrespeitosos provenham de criacionistas). Mas quando o comentário, apenas expõe, sem qualquer insulto ou falta de respeito a burrice (sem mencionar tal palavra) de outra pessoa, a melhor explicação é que essa pessoa tem vergonha da sua própria burrice e não quer que esta seja exposta. Foi o que aconteceu com o Mats no seu blog. Eu escrevi um comentário a expor a sua burrice crónica e este foi censurado. Outros continuam a "aguardar moderação". Também nada têm de desrespeitoso ou de ofensivo, mas é provável que também não passem - a realidade pode ser demasiado embaraçante para algum dos criacionistas. 
O meu comentário era relativo a isto: 

«Mats, uma pessoa pode não aceitar que a evolução ocorreu, mas para se saber o que é um fóssil de transição não é preciso aceitar/acreditar nisso.

Mas só existem “fósseis de transição” se a evolução ocorreu.
Tu estás tão imersa na tua visão darwinista que nem te apercebes dos erros.»

Eu apontei-lhe que os erros eram seus (do Mats), quer conceituais, quer de compreensão e que eu também não acreditava que dragões existiam, mas sabia o que estes eram (seriam se existissem), para ilustrar o meu ponto de vista. Por fim disse que esperava que o Mats tivesse percebido e que já não voltaria a explicar. Há aqui alguma coisa ofensiva? Não, é claro que não. Apenas expõe a burrice do Mats.

Na realidade, isto é apenas mais um dos comportamentos característicos dos criacionistas em geral. Tenho lido muitos textos relativamente ao modo como os criacionistas fogem com o rabinho à seringa através da censura de comentários que expõem o quanto eles são burros, desonestos e ignorantes. Um blog criacionista que tem fama dos seus administradores fazerem esse tipo de coisa é o "Uncommon Descent", gerido por pessoal do Discovery institute e companhia.

O comentário do Mats pode ser encontrado aqui: http://darwinismo.wordpress.com/2013/06/10/o-mau-uso-da-palavra-evolucao/#comment-20850