Filogenética: ferramentas online básicas (Adenda)

Outro programa que pode ser utilizado para calcular a árvore filogenética, introduzindo os dados do alinhamento de sequências, é o TNT  (máxima parcimónia), que pode ser utilizado online aqui:

http://www.phylogeny.fr/version2_cgi/one_task.cgi?task_type=tnt ou pode ser descarregado. 

Como cusiosidade, o TNT foi utilizado no trabalho de investigação sobre o Eosinopteryx (1). 

Outro programa que pode ser utilizado é este: http://www.cbrg.ethz.ch/services/PhylogeneticTree (distância e parsimónia), em que o alinhamento é opcional e as sequências podem ser em formato FASTA como tem sido costume. 
Uma árvore resultante desta análise é algo como isto, se for seleccionada a opção "unrooed":

distance tree

Tree(Leaf(opossum,-45.7098,5),0,Tree(Tree(Leaf(guineapig,-65.3521,6),-18.2245,
Tree(Leaf(mouse,-42.7937,1),-39.6013,Leaf(rat,-44.1639,3),0.9996),0.3559),
-15.2000,Tree(Leaf(horse,-34.8720,7),-26.5145,Tree(Leaf(dog,-41.2081,2),-29.9667
,Leaf(cow,-45.8691,4),0.3930),0.7587),1))

parsimony tree

Tree(Tree(Leaf(cow,31.5000,4),8.5000,Leaf(dog,33.5000,2)),0,Tree(Leaf(opossum,
85.5000,5),8.5000,Tree(Tree(Leaf(guineapig,124.5000,6),62.5000,Tree(Leaf(rat,
109.5000,3),98.5000,Leaf(mouse,110.5000,1))),26.5000,Leaf(horse,63.5000,7))))

Mas se for seleccionada a opção "Phylogram", aparece algo como isto: 

parsimony tree

Tree(Leaf(a,58.5000,1),0,Tree(Leaf(c,133.5000,3),58.5000,Leaf(b,126.5000,2)))

Ref.:

1. http://www.nature.com/ncomms/journal/v4/n1/extref/ncomms2389-s1.pdf