Filogenética: Ferramentas Online Básicas (reeditado)

• • Pesquisa de homólogos:
  - http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi - Aceder.
  
  
  - http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&BLAST_PROGRAMS=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&S - Usar o accession number (e indicar a base de dados) ou a sequência em formato FASTA – exemplo: P09405; base de dados: Swiss-Prot. Seleccionar o algoritmo: blastp (proteína-proteína). Seleccionar o número máximo de sequências a apresentar.
  Após realizar a pesquisa deve-se clicar no accession number para aceder à sequência.
  
  
  • Alinhamento de sequências e construção da árvore filogenética:
  1. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/x01714 - sequências (genéticas) em formato FASTA
  
  
  (ou http://www.uniprot.org/batch/ para proteínas no mesmo formato e noutros)
  
  
  2. http://www.phylogeny.fr/version2_cgi/one_task.cgi?task_type=clustalw – alinhamento das sequências pelo clustalw
  
  
  3. http://www.ebi.ac.uk/Tools/phylogeny/clustalw2_phylogeny/ - construção da árvore filogenética com o clustalw 
  
  
  (Para mais: http://www.molbiol-tools.ca/Phylogeny.htm) 
  
  
  
  
  Notas: 
  
  Vai aparecer uma evidencia da evolução, que são as semelhanças que vemos no alinhamento que sugerem que os genes/proteínas estão relacionados, relacionando assim (no caso dos ortólogos) também as espécies de onde estes vieram. A árvore filogenética serve para ver exactamente como é que eles estão relacionados.  
  É ainda necessário considerar durante um processo de investigação a possibilidade de evolução convergente. Não é algo de muito frequente a nível molecular, mas acontece.  
  Na minha área, uma das aplicações da filogenética é no campo da virologia, que nos pode ajudar a construir a história evolutiva dos vírus em vários pacientes que recebem tratamento anti-viral.
  
  
  P.S. Esclarecimento: na nota acima, anteriormente, tinha (sem querer) dado a entender que quando se faz uma análise filogenética já se parte do pressuposto que as semelhanças são devidas à ancestralidade comum, o que não está correcto. A homoplasia é tida em conta, ao ponto de se adoptarem estratégias (por exemplo, o uso de vários loci – abordagem filogenómica) para atenuar esse problema. No entanto, a homoplasia molecular não é muito frequente (como eu também referi), embora também não se assuma tal coisa ao construir árvores filogenéticas.